La interoperabilidad permite que organizaciones, procedimientos y sistemas intercambien información y la utilicen de manera compatible. En la administración electrónica no se reduce a transmitir un fichero de una aplicación a otra.
El Esquema Nacional de Interoperabilidad distingue dimensiones organizativas, semánticas y técnicas. La organizativa se ocupa de la cooperación y los procesos; la semántica, de que los datos mantengan un significado compartido; y la técnica, de las condiciones que hacen posible la conexión y el intercambio.
Un servicio puede disponer de una conexión técnica y seguir teniendo problemas de interoperabilidad si interpreta de forma distinta los datos recibidos o si no existe un procedimiento coordinado para utilizarlos. Además, poder intercambiar información no elimina las exigencias de seguridad, protección de datos y competencia del organismo que interviene.