La jubilación del funcionario supone el cese definitivo en el servicio activo y el acceso a una pensión pública. Existen tres modalidades: jubilación forzosa (al cumplir la edad legal, actualmente en transición hacia los 67 años), jubilación voluntaria (a partir de los 60 años con al menos 30 de servicio en determinados supuestos) y jubilación por incapacidad permanente.
Los funcionarios incluidos en el Régimen de Clases Pasivas (los que ingresaron antes del 1 de enero de 2011) tienen un sistema de pensiones propio gestionado por el Estado. Los que ingresaron a partir de esa fecha se encuadran en el Régimen General de la Seguridad Social.
La pensión de jubilación del funcionario depende del haber regulador (grupo de clasificación) y de los años de servicio. Con 35 años de servicio se alcanza el 100% del haber regulador en Clases Pasivas.